Abteilung Umweltchemie

Analytische software

envipy

envipy offers a suite of algorithms and tools developed at UCHEM department of EAWAG. These are made available by a graphical user interface which allows configuration and execution of a configurable workflow to analyze high resolution and TOF LCMS data from environmental samples. Interactive analysis of intermediate and final outcomes supports the users confidence in the produced results and assists understanding the effects of specific algorithmic parameters.

envihomolog - N E U -

Website zur Detektion und Visualisierung von Signalmustern homologer Substanzen in LC-MS Daten, basierend auf dem R-Paket nontarget. Zur Detektion müssen gepickte und bestenfalls isotopenbereinigte LC-MS peaks auf die Website hochgeladen werden. Ergebnisse können wiederum im .csv-Format runtergeladen werden. Am besten angezeigt mit den Webbrowsern Firefox, Google Chrome oder Safari.

enviPat Website

Basiert auf dem R-Paket desselben Namens, Web-Schnittstelle zur Berechnung von Isotopenmustern (Feinstruktur), Profilen, Zentroiden und Intensoiden. Auflösung isotopischer Feinstrukturen auch bei grossen Molekülen. Möglichkeit der Nutzung von Auflösungen eingebauter Instrumente, vordefinierter oder benutzerdefinierter Addukte und Batch-Verarbeitung. Am besten angezeigt in Firefox, Google Chrome und Safari.

R package 'nontarget'

R-Tool zur Gruppierung von Isotopen und Addukten mit Komponenten sowie Erkennung homologer Reihen aus hochauflösenden Massenspektrometer-Datensätzen.

R-Paket „RMassBank“

R-Tool zur Batch-Verarbeitung, Rekalibrierung und zum Clean-up von HRMS-Spektra und zur MassBank-Datengenerierung.

Beispieldaten für RMassBank (Rohdateien, ~50 MB)

R-Paket „enviPick“

Partitionierung, EIC-Clustering und Peak-Detektion für Baseline-korrigierte und Schwerpunkt-LC-HRMS-Daten im mzXML-Format. Anzeige interaktiver Ergebnisse und Rohdaten, Batch-Verarbeitung & browserbasierte Benutzerschnittstelle.