Abteilung Umweltmikrobiologie

Mikrobielle Gemeinschaften

Forschungsgebiete

Unsere Forschung fokussiert darauf generelle ökologische Prinzipien, die sich mit den Ursachen und Konsequenzen von mikrobieller Diversität befassen, abzuleiten und zu testen. Wir wollen die folgenden zwei zentralen Fragen der mikrobiellen Ökologie beantworten:

  • Wieso gibt es in mikrobiellen Gemeinschaften so viele verschiedene Zelltypen? In anderen Worten: was verhindert, dass ein paar wenige Zelltypen evolvieren, die sich durchsetzen und die anderen verdrängen?
  • Ist Diversität ein wichtiger Faktor der funktionalen Leistung von mikrobiellen Gemeinschaften? Falls ja, was sind die Mechanismen, die dafür verantwortlich sind?

Wir verwenden eine Kombination aus Laborexperimenten und der Untersuchung von Umweltsystemen um diese Fragen zu beantworten. Die Ursachen von mikrobieller Diversität untersuchen wir mittels experimenteller Systeme und fokussieren dabei insbesondere auf das Konzept der metabolischen Spezialisierung. Die zentrale Hypothese ist hierbei, dass gewisse metabolische Prozesse miteinander inkompatibel sind und deshalb am effizientesten in verschiedenen Zelltypen ausgeführt werden. Dies führt letztlich dazu, dass Diversität entsteht. Um diese Hypothese zu testen, messen wir in Laborexperimenten die Effekte von Interaktionen zwischen verschiedenen metabolischen Prozessen und verfolgen ihr Schicksal über evolutionäre Zeiträume.

Um die Konsequenzen mikrobieller Diversität zu untersuchen, untersuchen wir Umweltsysteme. Die zentrale Hypothese ist hierbei, dass mikrobielle Diversität ein wichtiger Faktor für die funktionale Leistung von Ökosystemen ist. Um dies zu testen, messen wir die Raten und das Ausmass von verschiedenen metabolischen Prozessen in Umweltsystemen und untersuchen ob es einen Zusammenhang mit dem Ausmass der Diversität in diesen Systemen gibt. Wir manipulieren dann experimentell das Ausmass der Diversität und werten die Konsequenzen für die verschiedenen metabolischen Prozesse aus. Das Ziel ist letztlich unser Verständnis darüber zu verbessern was Diversität in der Umwelt begünstigt und wieso Diversität ein wichtiger Faktor für die funktionale Leistung von Ökosystemen sein könnte.

Mehr Information finden Sie hier: www.mca-johnson.com

Gruppenleiter

Dr. David JohnsonGruppenleiterTel. +41 58 765 5520E-Mail senden

Team

Lea CaduffTel. +41 58 765 5714E-Mail senden
Yinyin MaTel. +41 58 765 6662E-Mail senden

Ausgewählte Publikationen

Tecon, R.; Mitri, S.; Ciccarese, D.; Or, D.; van der Meer, J. R.; Johnson, D. R. (2019) Bridging the holistic-reductionist divide in microbial ecology, mSystems, 4(1), e00265-18 (5 pp.), doi:10.1128/mSystems.00265-18, Institutional Repository
Mansfeldt, C.; Achermann, S.; Men, Y.; Walser, J.-C.; Villez, K.; Joss, A.; Johnson, D. R.; Fenner, K. (2019) Microbial residence time is a controlling parameter of the taxonomic composition and functional profile of microbial communities, ISME Journal, 13(6), 1589-1601, doi:10.1038/s41396-019-0371-6, Institutional Repository
Ju, F.; Beck, K.; Yin, X.; Maccagnan, A.; McArdell, C. S.; Singer, H. P.; Johnson, D. R.; Zhang, T.; Bürgmann, H. (2019) Wastewater treatment plant resistomes are shaped by bacterial composition, genetic exchange, and upregulated expression in the effluent microbiomes, ISME Journal, 13(2), 346-360, doi:10.1038/s41396-018-0277-8, Institutional Repository
Goldschmidt, F.; Regoes, R. R.; Johnson, D. R. (2018) Metabolite toxicity slows local diversity loss during expansion of a microbial cross-feeding community, ISME Journal, 12(1), 136-144, doi:10.1038/ismej.2017.147, Institutional Repository
Patsch, D.; van Vliet, S.; Garbani Marcantini, L.; Johnson, D. R. (2018) Generality of associations between biological richness and the rates of metabolic processes across microbial communities, Environmental Microbiology, 20(12), 4356-4368, doi:10.1111/1462-2920.14352, Institutional Repository

Projekte

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In ihrem natürlichen Umfeld existieren Mikroben selten alleine als einzelne Zellen, sondern sie leben meistens in Gemeinschaften ...
Auswirkungen von Umweltschwankungen auf die räumliche Selbstorganisation mikrobieller Verbundgemeinschaften