Département Ecologie et evolution des poissons

Installations et support

Les scientifiques sont soutenus par nos collaborateurs techniques hautement expérimentés. Un grand nombre d'appareils ultramodernes ainsi que divers aquariums sont mis à disposition pour les projets de recherc

Laboratoire de génétique moléculaire

Notre installation ultramoderne offre une infrastructure pour des travaux de recherche polyvalents dans les domaines de la génétique moléculaire des populations.

Nous sommes partenaires du Genetic Diversity Center (GDC) de l'EPF où nous exécutons quelques applications supplémentaires telles que le pyroséquençage. En outre, nous profitons de l'infrastructure bioinformatique et du soutien que le GDC offre pour nos jeux de données génomiques de grande taille.

Pour le séquençage de prochaine génération (NGS), nous travaillons en collaboration avec notre centre de séquençage de Berne et l'université de Lausanne ou nous externalisons nos bibliothèques d'ADN préparées vers des centres de séquençage privés.

Les laboratoires sont utilisés par notre personnel de recherche, par les étudiants et par les scientifiques invités.

Ci-après une liste des principales applications et des instruments mis à disposition dans le laboratoire du CEEB:

  1. Préparation des bibliothèques pour le séquençage de la prochaine génération (NGS)
    Nous préparons des bibliothèques pour le séquençage de nos projets RADtag ou des génomes entiers pour les plate-formes de séquençage par la technologie Illumina HighSeq
    Fragmentation de l'ADN (Covaris M220)
    Sélection des tailles de fragments ADN (Sage ELF)
    Contrôle qualité ADN (Agilent TapeStation)
  2. Extraction automatisée ADN/ARN
    Homogénéisation d'échantillons de tissus (système Qiagen TissueLyser II)
    Purification de l'ADN par billes magnétiques (Qiagen BioSprint 96 Robotic Workstation)
  3. Amplification et quantification de l'AND/ARN
    Thermocycleur standard et à gradient
    Machine de PCR en temps réel: ABI
    Roche LightCycler 480
  4. Séquençage et analyse de fragments
    Analyse de fragments (microsatellites, RFLP) et séquençage selon la méthode de Sanger
    Analyseur d'ADN ABI 3130xl (16 capillaires)
    Séquenceurs Beckman Coulter CEQ8000 (8 capillaires)
  5. Analyse des données
    Dans notre salle d'analyse des données, nous disposons de 4 ordinateurs (Mac et PC) avec leurs propres packs logiciels d'analyse, y compris CLC Genomics Workbench, GeneMapper, GenMarker, Sequencher, PAUP, MacClade

Pour les analyses de génome et les jeux de données de plus grande taille, nous utilisons l'environnement informatique du Centre de diversité génétique (GDC) de l'EPF