En aval du barrage de Gruyère, le débit de l'eau résiduelle qui coule dans la Sarine n'est souvent que de 2 à 3 m3 par seconde. Cela est insuffisant pour le maintien de la vie dans le milieu dynamique. Au lieu que le gravier roule de temps à autre en emportant des jeunes plantes, les bancs de graviers et de sable et le lit du fleuve sont envahis par la végétation et les algues. En plus de cela, le fleuve est fortement affecté plus loin en aval par la restitution de l'eau par vagues après les centrales. C'est pourquoi la législation révisée sur la protection des eaux prévoit que de telles situations doivent être assainies. Mais parallèlement, le virage énergétique entraîne une nouvelle pression sur l'énergie hydraulique. Dans le projet « Gestion durable des zones inondables et force hydraulique », l'objectif est d’étudier comment des conditions écologiques les plus proches possible des conditions naturelles peuvent être créées même avec une production d'électricité. Ce projet fait partie du programme national de recherche « Virage énergétique » (NFP 70). La ZHAW (Haute Ecole des sciences appliquées de Zurich), l'EPFL et l'Eawag y participent.