Il reste parallèlement employé en tant que chercheur et chef de département à l’Eawag. Les axes de recherche de Bernhard Truffer portent sur les systèmes d’innovation technologiques et les processus de transition, notamment dans la planification des infrastructures. Bernhard Truffer a été régulièrement récompensé par des organismes internationaux pour ses travaux de recherche. Tout récemment, il a reçu un Research Publication Award de l’association IAMOT pour ses nombreuses publications dans le domaine du management des technologies.